법인이 보유하던 비상장주식을 매각하거나, 다른 법인의 지분을 사고파는 거래를 했다면 개인과는 조금 다른 방식으로 세금 문제를 챙겨야 해요. 증권거래세 자체는 개인과 세율이 같지만, 법인은 법인세 신고와 맞물리는 부속서류나 특수관계자 거래 규정까지 함께 살펴봐야 하기 때문이에요. 법인이 주식을 양도했을 때 증권거래세를 어떻게 신고해야 하는지 정리해볼게요.
법인도 증권거래세 신고 의무가 있어요
증권거래세법상 신고 의무자는 개인과 법인을 구분하지 않고 ‘주식을 양도한 자’로 규정돼 있어요. 따라서 법인이 보유한 비상장주식이나 장외거래 주식을 매각했다면, 그 법인이 직접 증권거래세를 신고하고 납부해야 해요.
상장주식을 증권사를 통해 매도한 경우에는 개인과 마찬가지로 증권사가 원천징수하기 때문에 법인이 별도로 신고할 필요가 없어요. 문제는 비상장 계열사 주식, 협력업체 지분, 특수관계법인 간 주식 매매처럼 증권사를 거치지 않는 거래예요. 이런 거래는 법인이 스스로 세액을 계산해 신고해야 하는 대상이에요.
세율과 세액 계산은 개인과 동일해요
법인이라고 해서 세율이 달라지지는 않아요. 비상장주식을 양도한 경우 양도가액의 0.35%가 증권거래세로 부과되는 건 개인과 동일한 기준이에요. 다만 법인은 거래 규모가 개인보다 큰 경우가 많아서 세액 자체가 커질 수 있고, 그만큼 신고 누락 시 가산세 부담도 커진다는 점을 유의해야 해요.
신고기한도 개인과 같은 반기별 구조를 따라요. 상반기(1~6월) 양도분은 8월 말일까지, 하반기(7~12월) 양도분은 다음 해 2월 말일까지 신고·납부하면 돼요. 여러 계열사 지분을 여러 차례 나눠서 양도했다면 해당 반기 거래를 모두 합산해서 신고서를 작성해야 해요.
특수관계법인 간 거래는 부당행위계산 부인 위험이 있어요
법인 간 주식 거래에서 특히 주의해야 할 부분이 바로 특수관계인 규정이에요. 모회사와 자회사, 계열사 간에 시가보다 현저히 낮거나 높은 가격으로 주식을 주고받으면 세무당국이 이를 ‘부당행위계산 부인’ 대상으로 볼 수 있어요.
- 저가 양도: 시가보다 낮게 팔면 양도한 법인의 이익이 과소 계상됐다고 보고 시가와의 차액만큼 익금에 산입해 법인세를 재계산할 수 있어요.
- 고가 양수: 반대로 시가보다 비싸게 사들이면 매입한 법인 쪽에 부당한 손금이 발생한 것으로 보고 손금부인이 적용될 수 있어요.
- 비상장주식 시가 산정: 비상장주식은 거래 사례가 드물어서 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법(순손익가치와 순자산가치 가중평균)으로 시가를 추정하는 경우가 많아요.
이런 이슈는 증권거래세 신고 자체보다 법인세 세무조정에서 더 크게 영향을 미치기 때문에, 특수관계법인 간 거래라면 신고 전에 반드시 시가 평가부터 점검해야 해요.
법인세 신고와 함께 챙겨야 할 부속서류
법인이 주식을 양도하거나 취득해서 지분 변동이 생기면 증권거래세 신고와는 별도로 법인세 신고 시 ‘주식등변동상황명세서’를 함께 제출해야 해요. 이 서류는 사업연도 중 발생한 주식 이동 내역을 국세청에 보고하는 부속서류예요.
주식등변동상황명세서는 법인세 신고기한, 즉 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 함께 제출하면 돼요. 여기에는 양도인과 양수인의 인적사항, 주식 수, 액면가액, 양도가액 등을 구체적으로 기재해야 해서 증권거래세 신고 자료와 내용을 맞춰두는 게 편해요.
이 명세서를 누락하면 미제출가산세가 별도로 부과될 수 있기 때문에, 법인이 주식 거래를 했다면 증권거래세 신고와 주식등변동상황명세서 제출을 한 세트로 챙기는 게 안전해요.
홈택스에서 법인 명의로 신고하는 절차
법인의 증권거래세 신고도 개인과 마찬가지로 홈택스에서 전자신고가 가능해요. 다만 로그인 시 법인 공동인증서(또는 법인 전용 간편인증)를 사용해야 하고, 담당자 권한이 위임된 세무대리인이 대신 신고하는 경우도 많아요.
- 1단계: 홈택스에 법인 인증서로 로그인한 뒤 신고/납부 메뉴에서 증권거래세 신고를 선택해요.
- 2단계: 양도한 주식의 종목, 상대방(양수인) 정보, 반기 합산 양도가액을 입력해요.
- 3단계: 세액(0.35%)을 확인하고 법인 계좌에서 전자납부로 마무리해요. 이후 법인세 신고 시 주식등변동상황명세서에 동일한 거래 내역을 반영해요.
거래 금액이 크거나 특수관계자 거래가 얽혀 있다면 자체 신고보다는 세무대리인을 통해 시가 평가와 세무조정까지 함께 검토받는 걸 추천해요.
정리하면 법인의 증권거래세 신고는 세율과 신고기한 자체는 개인과 같지만, 특수관계법인 간 거래 시 부당행위계산 부인 위험과 법인세 신고 시 주식등변동상황명세서 제출 의무가 추가로 따라붙는다는 점이 다른 점이에요. 이 두 가지를 놓치지 않고 챙기면 법인 주식 거래 관련 세무 리스크를 크게 줄일 수 있어요.